有關6月15日媒體報導「農技被掏空，台灣食惡果」及「孫明賢劈腿兼兩岸官方顧問」等事。行政院農委會表示，新政府上台後，對於兩岸農業技術交流政策，迄今政策並無放寬，農委會將繼續加強臺灣農業技術及品種之管理；據瞭解孫明賢博士係以亞蔬理事主席的身分接受中國民間團體聘用，出任名譽顧問。

　　農委會表示，臺灣農業技術及品種之保護，係依「植物品種及種苗法」（93.4.21制定）、農委會研發成果歸屬及運用辦法(90.9.14訂定，93.3.15修正)及「政府資助敏感科技研究計畫安全管制作業手冊」(國科會91.9.17訂定)等法令規定辦理，97年5月20日新執政團隊上台後，並未修改或放寬相關規定。

　　根據農委會所掌握資料顯示，截至96年6月，臺資農企業在中國「兩岸農業合作試驗區」等園區內投資者已有近4,500家，實際利用臺資50億美元。農委會並於97年5月及12月派員考察瞭解成立較久之福建農業合作試驗區及海南農業合作試驗區。其中福建試驗區累計批准臺資農業項目2,012個，合約利用臺資25.2億美元，實際到資14.5億美元，在大陸各省區市中位居第一；在海南的台資農業企業則有430餘家，實際投資3.5億美元。

　　農委會說，依據農業專家學者的說法，農業技術及品種之管理相當困難，但農委會將依上揭各種相關法令規定，嚴格管制政府農試驗改良場所研發之關鍵核心農業技術及品種不得外流中國大陸。

　　孫明賢博士係為農委會推薦並送行政院核定，擔任亞蔬─世界蔬菜中心的我國家理事，民國94年獲該中心其他理事推選擔任該中心理事主席，任期至民國100年；為順利推動我國與亞蔬之合作，於去(97)年8月18日起聘請渠擔任該會顧問並提供辦公室，惟渠並無參與農委會科技暨相關政策制定。有關孫明賢博士擔任中國民間團體顧問一事，係98年5月28日接受聘書，6月3日告知本會，並表明是以亞蔬理事主席的身分接受中國民間團體「海峽兩岸農業交流協會」聘請，出任「台灣農民創業園」名譽顧問，服務對象為臺灣農民，至目前為止雙方並未談及具體合作內容。